植物工廠意味著植物種植方式的改變，這改變非常非常大，模仿植物的生長方式，然後用現在的工廠生產來生產農產品。植物需要的陽光改變成LED燈的光，空氣是用電腦控制溫濕度與二氧化碳，水是經過處理過的，土呢？有的直接是水耕不用土。違背了自然的作法。
為什麼會有植物工廠的產生？一、農產品自給率不足依靠國外進口。二、人口老化勞動力不足。三、現今環境氣候變異大生產不定。解決方式就是用工廠方式生產農產品，這是植物工廠的思維想法。
這些想法看起來很合理，但仔細想想，大自然所產生的植物因為與陽光產生光合作用，植物因光合作用把二氧化碳轉成糖，然後餵養根圈旁的微生物菌，微生物菌提供植物很多的養分，所以植物才會有我們人需要的營養素，也因吸收二氧化碳而能減少地球暖化。如果用LED光這光是否跟陽光的光譜一樣呢？這樣植物的養分夠嗎？陽光有太陽能，有太陽磁力線、太陽宇宙射線，有維持生物個體完整性的訊息，還有一些尚在研究的能量與信息，與LED單純的作光源是大不相同的。植物工廠的作法是將養分加入水中，植物吸收到就可以有我們人要的養分。但我們所知的養分並不完整，而且有些營養分也無法用人工合成。美國菲利普納爾遜教授在二○○六年中文版的《生物物理學：能量、信息、生命》中敘述生命如何產生有序之章節提及：「……地球，就像我們的罐子，不是一個孤立系統。隨著生物的出現，地球上分子的組織程度(有序度)逐漸增加，太陽能射入到地球。因為地球溫度基本長期保持穩定，所有這些能量必須要從地球逸出(連同地球產生的一點地熱)。其中一部分僅僅反射回太空中，其餘部分以熱能的形式由地球輻射到宇宙中去。因此，地球持續地從太陽這個熱源接收能量，並將其以熱輻射(其溫度等於地表溫度)的形式排出。……綠色植物吸收高品質形式的能量(陽光)，然後將其傳遍整個植株最終以熱能形式釋放。當通過植株的能量多於抵抗退化趨勢能量的最小值時，植物可以對多出部分進行加工，以此維持生長並進而做些『有用功』，例如，將攝入的低能量形式的物質(二氧化碳和水)升級為高能形式(碳水化合物)。……，生命捕獲有序，有序根本上都來自於太陽。這些有序通過一系列錯綜複雜的過程，慢慢流過生物圈，我們將這些過程一般地稱為自由能轉換。……」
另外植物有晝夜節律與季節的時間規律，最早開展的時間生物學的實驗研究工作是一六四七年，義大利科學家Sanctorius開始的。他設計製造出一個很大的台秤。在秤盤上，他設計製造了一個簡易的小室，人可坐在裡面從事簡單的活動，如讀書、寫字和進餐等。然後，他對自己進行了長達三十年的體重、尿液等監測。通過三十多年的研究，他發現人的體重和尿的混濁度等存在著以月為週期的生物節律的特點。Sanctorius做這一實驗的初衷是為了證明上述的，「普天之下，對任何事情來講，每一事物發生都有季節……」。他的這一實驗，有力地證明了生命活動存在著週期性變化。即存在著生物節律。大自然環境對生物生命活動有直接而且深刻的影響，並不是我們一般認知的陽光、空氣、水，簡單的成份來影響植物生長。
此外，用LED二十四小時的照射（伴隨著光汙染），感覺是壓榨植物要他不能休息。以人來看沒有人能每天二十四小時工作，生命如何受得了？平時觀察植物，一到傍晚，看看葉子就感覺他要合起來休息，一早來看陽光下的植物生命是燦爛的。向日葵的花會跟著太陽方向而轉，還有很多植物是跟著太陽作息開花。這是自然，不能用人造的LED取代啊。需要生活健康真的要好好想一想。
因為我沒吃過植物工廠的農作物，但把慣行、有機、自然這三種方式種出來作物的實驗來看，人類再怎麼聰明如用肥料、農藥…等方式，種出來的農作物真的很難跟自然種出來比較。
在日本有農產品比賽以糖度、維他命C、抗氧化、硝酸鹽這四種做為比賽之項目。糖度、維他命C、抗氧化這三種要高，硝酸鹽要低當為比賽的標準。結果發現以施作農法來說，慣行與自然在糖度、維他命C、抗氧化、硝酸鹽的差異，自然農法只有一樣比慣行低，就是硝酸鹽。慣行的硝酸鹽比自然農法的硝酸鹽高出將近五十倍。其他糖度…等自然都比慣行的高約兩倍。人體從植物吸收的營養素有一般耳熟能詳的花青素、茄紅素、葉黃素、胡蘿蔔素、玉米黃素、兒茶素、多酚、檞皮素、柑橘生物類黃酮、皂甘、硫化物、植物錙醇、植物雌激素等目前研究證實植物營養素高達兩萬五千多種，如果只是幾種維生素C、抗氧化物、果醣為代表的營養素並不滿足人的所有生理需求，從這比較來看，我很擔心我們人如果吃了植物工廠的作物，身體是否會出現問題？健康是人很大的財富，健康沒有就沒什麼好說。因為後面帶動一連串的問題，社會經濟面對國家會是很大的影響。
另外，植物工廠真的能降低農產品費用嗎？從用水來看，因為所使用的水都要經過處理，水的需求應該很大。從用電來看， LED燈號稱省電，LED燈需求也要很多很多，二十四小時都需要用電，這用電量也是很可觀的。所以這樣養成產出的菜要便宜應該不容易。到最後得利的可能是提供設備的人和提供作物所需要的營養劑的人；最後賠上吃的人健康，這真的不可不慎。
為了我們真正的健康，我們需要更審慎評估工廠方式的耕作方式，以免得不償失。