植物工厂意味着植物种植方式的改变，这改变非常非常大，模仿植物的生长方式，然后用现在的工厂生产来生产农产品。植物需要的阳光改变成LED灯的光，空气是用电脑控制温湿度与二氧化碳，水是经过处理过的，土呢？有的直接是水耕不用土。违背了自然的作法。
为什么会有植物工厂的产生？一、农产品自给率不足依靠国外进口。二、人口老化劳动力不足。三、现今环境气候变异大生产不定。解决方式就是用工厂方式生产农产品，这是植物工厂的思维想法。
这些想法看起来很合理，但仔细想想，大自然所产生的植物因为与阳光产生光合作用，植物因光合作用把二氧化碳转成糖，然后喂养根圈旁的微生物菌，微生物菌提供植物很多的养分，所以植物才会有我们人需要的营养素，也因吸收二氧化碳而能减少地球暖化。如果用LED光这光是否跟阳光的光谱一样呢？这样植物的养分够吗？阳光有太阳能，有太阳磁力线、太阳宇宙射线，有维持生物个体完整性的讯息，还有一些尚在研究的能量与信息，与LED单纯的作光源是大不相同的。植物工厂的作法是将养分加入水中，植物吸收到就可以有我们人要的养分。但我们所知的养分并不完整，而且有些营养分也无法用人工合成。美国菲利普纳尔逊教授在二○○六年中文版的《生物物理学：能量、信息、生命》中叙述生命如何产生有序之章节提及：「……地球，就像我们的罐子，不是一个孤立系统。随着生物的出现，地球上分子的组织程度(有序度)逐渐增加，太阳能射入到地球。因为地球温度基本长期保持稳定，所有这些能量必须要从地球逸出(连同地球产生的一点地热)。其中一部分仅仅反射回太空中，其余部分以热能的形式由地球辐射到宇宙中去。因此，地球持续地从太阳这个热源接收能量，并将其以热辐射(其温度等于地表温度)的形式排出。……绿色植物吸收高品质形式的能量(阳光)，然后将其传遍整个植株最终以热能形式释放。当通过植株的能量多于抵抗退化趋势能量的最小值时，植物可以对多出部分进行加工，以此维持生长并进而做些『有用功』，例如，将摄入的低能量形式的物质(二氧化碳和水)升级为高能形式(碳水化合物)。……，生命捕获有序，有序根本上都来自于太阳。这些有序通过一系列错综复杂的过程，慢慢流过生物圈，我们将这些过程一般地称为自由能转换。……」
另外植物有昼夜节律与季节的时间规律，最早开展的时间生物学的实验研究工作是一六四七年，义大利科学家Sanctorius开始的。他设计制造出一个很大的台秤。在秤盘上，他设计制造了一个简易的小室，人可坐在里面从事简单的活动，如读书、写字和进餐等。然后，他对自己进行了长达三十年的体重、尿液等监测。通过三十多年的研究，他发现人的体重和尿的混浊度等存在着以月为周期的生物节律的特点。Sanctorius做这一实验的初衷是为了证明上述的，「普天之下，对任何事情来讲，每一事物发生都有季节……」。他的这一实验，有力地证明了生命活动存在着周期性变化。即存在着生物节律。大自然环境对生物生命活动有直接而且深刻的影响，并不是我们一般认知的阳光、空气、水，简单的成份来影响植物生长。
此外，用LED二十四小时的照射（伴随着光污染），感觉是压榨植物要他不能休息。以人来看没有人能每天二十四小时工作，生命如何受得了？平时观察植物，一到傍晚，看看叶子就感觉他要合起来休息，一早来看阳光下的植物生命是灿烂的。向日葵的花会跟着太阳方向而转，还有很多植物是跟着太阳作息开花。这是自然，不能用人造的LED取代啊。需要生活健康真的要好好想一想。
因为我没吃过植物工厂的农作物，但把惯行、有机、自然这三种方式种出来作物的实验来看，人类再怎么聪明如用肥料、农药…等方式，种出来的农作物真的很难跟自然种出来比较。
在日本有农产品比赛以糖度、维他命C、抗氧化、硝酸盐这四种做为比赛之项目。糖度、维他命C、抗氧化这三种要高，硝酸盐要低当为比赛的标准。结果发现以施作农法来说，惯行与自然在糖度、维他命C、抗氧化、硝酸盐的差异，自然农法只有一样比惯行低，就是硝酸盐。惯行的硝酸盐比自然农法的硝酸盐高出将近五十倍。其他糖度…等自然都比惯行的高约两倍。人体从植物吸收的营养素有一般耳熟能详的花青素、茄红素、叶黄素、胡萝卜素、玉米黄素、儿茶素、多酚、檞皮素、柑橘生物类黄酮、皂甘、硫化物、植物锱醇、植物雌激素等目前研究证实植物营养素高达两万五千多种，如果只是几种维生素C、抗氧化物、果糖为代表的营养素并不满足人的所有生理需求，从这比较来看，我很担心我们人如果吃了植物工厂的作物，身体是否会出现问题？健康是人很大的财富，健康没有就没什么好说。因为后面带动一连串的问题，社会经济面对国家会是很大的影响。
另外，植物工厂真的能降低农产品费用吗？从用水来看，因为所使用的水都要经过处理，水的需求应该很大。从用电来看， LED灯号称省电，LED灯需求也要很多很多，二十四小时都需要用电，这用电量也是很可观的。所以这样养成产出的菜要便宜应该不容易。到最后得利的可能是提供设备的人和提供作物所需要的营养剂的人；最后赔上吃的人健康，这真的不可不慎。
为了我们真正的健康，我们需要更审慎评估工厂方式的耕作方式，以免得不偿失。